tag:blogger.com,1999:blog-31545288017212547692012-02-16T23:01:42.526+09:00sphexishhttp://www.blogger.com/profile/01681295515100106846noreply@blogger.comBlogger121100tag:blogger.com,1999:blog-3154528801721254769.post-20639338836353126282009-12-09T20:48:00.004+09:002009-12-11T16:51:34.017+09:00

生物科学の入門書を書いてみた。生きているとは何か、ぱっとなかなかつかめないものである。高校の教科書、特に東京書籍の『生物II』はとてもよくできているが、（１）生きていることを前提とした章が多いこと、（２）必要な化合物の構造をいくつか見た方がわかりやすいこと、（３）生命の反応の中心である酵素反応がまだ浅いということで、全容をつかみにくい。一方、大学に入って『ヴォート生化学』『細胞の分子生物学』などの大著で学び始めると、情報のうずに巻き込まれて方向を見失う。その間をうめるのが目的である。生きているとは何かを、３つのキーワードだけで述べたものである。副題にある代謝と遺伝と恒常性である。代謝は生化学、遺伝は遺伝学や分子生物学、恒常性はタンパク質科学や生物物理に相当する。この指針があると生物学を学びやすくなるはずである。絞り込んで最低限の情報だけにしている。ここがまず売りである。100ページ以下

sphexishhttp://www.blogger.com/profile/01681295515100106846noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3154528801721254769.post-19975669393194492922009-11-28T00:00:00.004+09:002009-11-28T00:10:39.389+09:00

ツイッターに電子拠点を移してみます。よろしければ、どうぞ。http://twitter.com/as_expectedしかしツイッターの検索はすごいな。秒単位のレスポンスがそのまま検索できる。もうひとつ、タイムラインに数百人のつぶやきを並べるくらいになると、なんとなく、その場ごとのトピカが共有されるんやろなと思う。種のヒトとして統計的に意味のある数が参加すれば、地球の韻律みたいになるという人もいるようだが、トポス的な見方の方が面白いような。まずはぼつぼつつぶやいてみます。ほなー。

sphexishhttp://www.blogger.com/profile/01681295515100106846noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3154528801721254769.post-16880009568339052622009-11-07T21:58:00.004+09:002009-11-08T15:44:46.876+09:00

あっという間に時間が過ぎますな。また今月のエッセイの締め切り２本が気になり出している。「携帯電話」をひとつ分量だけ埋めてみた。そのあと届いたシュンスケの論文を査読。いまようやく読み終えたところだが投稿できそうだ。酵素機能スイッチをポリマーで実現したもので、応用の可能性はかなり広い。一流誌に投稿してみる予定。打ち合わせが続く。まずニッポン放送の出演依頼がひとつ。楽しみだが、今回はみっちり予習していこう。関学から恩師が１２月にいらっしゃるとのこと、これもまた楽しみなことである。月曜日は共同研究先と新しい仕事の打ち合わせがひとつ、水曜日は企業との打ち合わせ。東工大から美しいデータがひとつ。そういえばバードコートにデビューした。ホリエモンが絶賛するだけに旨い。焼き鳥とはこうだろう、そう言っているような焼き鳥である。著書２冊目「工学系のための基礎生物科学」の２回目の校正が始まっている。非常に細かく

sphexishhttp://www.blogger.com/profile/01681295515100106846noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3154528801721254769.post-67487951024660656062009-10-27T21:54:00.009+09:002009-10-28T00:37:29.371+09:00

ついにポメラを買った。発売当時の１年前、０８年１１月、大阪出張のときに買おうかなと思って電気屋で触っていたのだが、そのときは思い直した。２万７千円だから衝動買いしても問題はないのだが、時間の使い方が気になったのだ。つまり、出張のあいだは「書く」「繋がる」からのがれて、ひとりで「読む」時間につかうべきだろうと確信したのである。１，ありふれた理由それから1年くらい過ぎるのだが、買ってしまった。ずっと気になっていたのだから、やっぱり欲しかったのだろう。大きな理由（になっていない理由）はそこである。しかしテキストエディタの機能しかない、４インチ白黒液晶画面がなぜ気になるのか、説明は難しい。1万5千円だから原稿1本分だという、これは妻向けの言い訳。２，あとづけの理由よそ行きの理由をあげるならふたつ。まず、井上雄彦が喫茶店でネームを描くのはなぜかと問われて、自分の部屋だと遊んでしまうんですよねと答

sphexishhttp://www.blogger.com/profile/01681295515100106846noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3154528801721254769.post-65769568879110871582009-10-24T21:05:00.004+09:002009-10-24T23:57:00.029+09:00

松丸本舗がオープン。不思議な本の並び方を眺めているといろんなことを思う。『ロジェ・シソーラス』的な不便さは、いまの社会にはほとんどない。それが心地良いのだろう。必然としての情報に偶然の並びを一滴加えると世界がそこにあらわれてくる。その世界を見ている。科学が生命誕生の必然に立ち入っていけるのに対して、生命進化の偶然に手をこまねいているのにもどこかにている。長い寄り道をして和歌占いへ。これからいろいろ書いていきたいと思うことについて。４の３乗通りのいずれの占いが出るのかは等しく偶然だが、出た目は２２、ここに切り出されたタブローがなにを想起させるのか。　誰が為の災ひあらじ天の原　踏み轟かし鳴る神の音「訳ありセンベイ」がブランドになる現在、「訳あり本」というジャンルも成立しうるのだろうか。思いっきり専門とはちがうんですが、言いたいことがたくさんあるんです、これもまあ「訳あり」みたいなもんですが、

sphexishhttp://www.blogger.com/profile/01681295515100106846noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3154528801721254769.post-65418456424712092162009-10-19T22:07:00.005+09:002009-10-19T22:16:01.337+09:00

９時、朝輪読はラウールの法則がおわってヘンリーの法則へ。あらためて理想希薄溶液を勉強しなおすのも面白い。週末の停電がおわってメールが復活、メールが５０本くらい届いていた。とにかく返事をして、読むだけでいいのは消して手帳に書き込むなど、結構ヒマがかかる。増えた用事が３件。Ｋ君から雑誌会原稿が届いていた。今日から個人レッスンである。「主語が必要」「修飾する関係」など５箇条をまずチェックして送り返す。Ｔ君に頼んでいたシャペロンの図に細工をしてＩさんに転送。教科書用に使う図である。力学２の採点を１４０人分、先生方に返却。基盤Ｂの分担承諾書を落としてきて作成、事務に転送。学内の分担は研究科長の印鑑はいらないようだ。論文の審査の依頼がひとつ、査読者２名が必要とのことで、１名は自分でやることに、１名はお願いのメールをする。すぐに承諾の返事。１１時、青葉の特製ラーメン。Ｈ君の博士論文概要の査読を。細々

sphexishhttp://www.blogger.com/profile/01681295515100106846noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3154528801721254769.post-82685564581719481942009-10-09T19:58:00.007+09:002009-10-09T20:37:55.734+09:00

今年のノーベル医学生理学賞はテロメアだった。生命の「死」を分子レベルで明らかにした研究である。真核生物のDNAは線状で末端がある。かたや原核生物のDNAは環状で末端がない。このささいな違いが、死と深くかかわっているのが面白い。次のような仕組みだ。真核生物のDNAの末端の構造がテロメアである。DNAは相補的に複製するので末端部分は分裂のさいに同じものを複製できない。そのために細胞分裂が進むとDNAの末端が短くなる、これが真核細胞の寿命と関係するのではないかという説である。削られていくDNAの末端を修復するタンパク質がテロメラーゼだ。ふつうはテロメアが短くなって寿命を迎えるといわれるが（ヘイフリック限界という言葉もある）、がん化した細胞は、テロメラーゼがはたらいていつまでも増殖できるといわれている。かたや単細胞生物は、環状のDNAだから末端がない。だから真核細胞のDNA複製のような問題

sphexishhttp://www.blogger.com/profile/01681295515100106846noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3154528801721254769.post-60905435743192839122009-09-29T21:20:00.003+09:002009-09-29T21:31:58.893+09:00

しばらくサボっていたが実験をはじめることにした。リフォールディング・キットをこしらえた昨年春以来である。何をやるかというと、開放系・複雑系でのタンパク質の振る舞いを、じっさいに実験レベルで調べるのだ。タンパク質歴も15年だから、タンパク質の構造とか機能とかを調べる技術もそこそこ身についているし、うまく保存したりするタンパク質の扱いも最近はチカラをいれている。だから何ぞできるんではないかと気軽に考えている。タンパク質は、試験管のなかでどう振る舞うのか、もう詳細に研究されてきている。タンパク質フォールディングや酵素キネティクスも職人芸的なものではなくて、ふつうにやられるものになっている。部位特異的変異とくみあわせて、結晶構造解析やNMRで原子レベルでのタンパク質の挙動がわかるようになっている。かたや、細胞や生体に細工をして、生命現象の変化をしらべる研究も盛んである。iPS細胞しかり、

sphexishhttp://www.blogger.com/profile/01681295515100106846noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3154528801721254769.post-24585489027722826742009-09-25T18:47:00.005+09:002009-09-28T10:52:45.479+09:00

リゾチームをモデルにした「凝集抑制剤」の集大成となる論文です。ようやくオンラインに出ています。Indispensable structure of solution additives to prevent inactivation of lysozyme for heating and refoldingリゾチームのリフォールディングには、アルギニンやグアニジンなどのグアニジノ基（グアニジウム基）を持つ化合物が添加剤として効果がある。かたやリゾチームの熱凝集の抑制には、アミノ酸の主鎖骨格を持ったアミノ酸誘導体類が添加剤として効果がある。とてもわかりやすい結論です。官能基をつぎつぎに足していく手法で、グアニジンからアルギニンをへてアルギニンエチルエステルへ、おなじように水からセリンをへてセリンエチルエステルへと、６系統の化合物のシリーズを調べています。とにかく有無をいわせぬデータ量がある

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平野君の論文がオンラインに出ています。Synergistically Enhanced Dispersion of Native Protein-Carbon Nanotube Conjugates by Fluoroalcohols in Aqueous Solution水にまったく溶けないカーボンナノチューブを、水溶液中に分散させる方法を提案したものです。タンパク質と数百ミリモル程度の有機溶媒を加えると、カーボンナノチューブがタンパク質と複合体をつくって溶液に分散します。おそらくナノチューブに結合したタンパク質はネイティブ構造を持っています。この方法の利点は、タンパク質を使っていること、しかもタンパク質を変性させないことがあります。さて何ができるか。カーボンナノチューブの精製システムにも応用できるし、生きたタンパク質の性質を使ったセンサーなどにも応用できる可能性がある。★平野君の着想

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表紙の画像が届きました。こんな具合です。「タンパク質」の本なのに、表紙にはDNAの二重らせんの画像といった微妙な選択……。これには深い深いわけがあるんだそうだ。「タンパク質学者」という新しいネーミングにせよ、「生命の謎は」というこの「の謎」をあえて入れた微妙なニュアンスにせよ、勉強になるのは確かである。しかし編集者の鼻息は荒い。ゲラに書き込まれた真摯なコメントは編集者に著作権があるのかどうか、わからんが、まあ発表していいのだろう。全然足りない……。人生４０年近く生きてくると、もうなかなかここまで怒られることはないからなあ。あはは。しかしおそろしく勉強になったのは確かである。本が出て印税がちょい入ることよりもむしろ編集のエモやんに鍛えられたことの方が、ありがたい程である。だいぶ上達したように思う。編集学校でY師に鍛えられたのも、けっこう役に立ってるけども。そんなこんなで最終原稿

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最初の本がいよいよ１０月７日に出ます。『生命の謎は「タンパク質」で読み解ける！』（メディアファクトリー）この本で実感して欲しいことは、ただひとつ。世に何万人も（もっとかな）いるタンパク質の研究者が見ている世界をざっくり150ページくらいでまとめてみると、生命とは何か、すっきり見えるということです。★序章「ゆで卵を生卵に戻せるか」まず伝えたいのは、タンパク質はただの栄養素ではないということ。私たちがなぜタンパク質を食べるのかというと、私たちのからだがタンパク質でできているからです。こうした生きた側のタンパク質をお話します。１章「生命や意識とは何か」生命現象はいまやタンパク質でだいたい理解できるようになっています。その一方で、意識はタンパク質のレベルでは説明できない。脳は細胞や組織としての知見が深まってますが、あまり知られていないが個人的に面白いと思う切り口から。２章「子はなぜ親に似るのか」

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